1946年（昭和21年）7月1日 - 前身として、運輸省海運総局に不法入国船舶監視本部を設置。
1948年（昭和23年）5月1日 - 運輸省の外局として、海上保安庁設置。
長官官房、保安局、水路局、燈台局の1官房3局の構成。
全国9か所に海上保安本部設置。本部の名称には設置場所の地名を冠称。
1948年（昭和23年）5月12日 - 旧海軍省庁舎にて業務開始。5月12日は開庁記念日となる。
1949年（昭和24年）1月1日 - 船舶検査業務を運輸省から移管。
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1949年（昭和24年）6月1日 - 海上保安庁長官を補佐する職として海上保安庁次長を設置。
内部部局は長官官房、警備救難部、保安部、水路部、燈台部の1官房4部の構成。
海上保安学校設置。所在地は母体の海上保安教習所、水路技術官養成所、燈台官吏養成所がそれぞれあった東京都江東区越中島、神奈川県茅ヶ崎市、横浜市に分散。
1950年（昭和25年）6月1日 - シーマン系のトップとして、海上保安庁次長の同等職たる警備救難監を設置。
長官官房を総務部、保安部を海事検査部にそれぞれ改称するとともに、船舶技術部を新設し、本庁は6部構成。
全国の海域を第一海上保安管区から第九海上保安管区に分け、海上保安本部の名称を地名から管区名（番号名）に改称。
1950年（昭和25年）11月1日 - 海上保安学校から初任訓練を分離し、広島県呉市に海上保安訓練所を設置。
1951年（昭和26年）4月1日 - 海上保安大学校を東京都江東区越中島に設置。
海上保安学校は京都府舞鶴市に移転統合。